Basé sur un jeu otome populaire, Hakuouki suit Chizuru et le Shinsengumi dans une réalité alternative. Chizuru se rend à Kyoto à la recherche de son père disparu mais après avoir été impliquée dans un incident, elle finit par être prise en charge par le Shinsengumi où elle rencontre les membres dont les célèbres Hijikata Toshizo et Okita Soshi. Le père de Chizuru menait des recherches gouvernementales pour renforcer le Shinsengumi et a développé l'ochimizu. L'ochimizu est une formule qui donne aux démons des effets de force et de régénération mais une fois pris, l'utilisateur éprouve une douleur extrême et se transforme finalement en monstre affamé de sang.
Dans une tentative de défendre Chizuru, Hijikata prend l'ochimizu et bien que la situation ait été sauvée, il est maintenant atteint de la maladie. Okita est également contraint de prendre la formule lorsque sa tuberculose l'empêche de défendre Chizuru et lui-même. Se sentant responsable de leurs actions, Chizuru doit combattre son sentiment d'impuissance et trouver le courage de soutenir le Shinsengumi.
