L'année est 2016, et les pépins trouvés dans le passé de l'humanité menacent la durabilité de son avenir. L'Organisation de sécurité de Chaldea - chargée de préserver l'histoire humaine aussi longtemps et aussi fortement que possible - a mis au point une nouvelle méthode de voyage dans le temps pour réparer ces événements, stabilisant l'avenir de l'humanité. Mais lorsqu'une menace inconnue pousse l'humanité au bord de l'extinction, les jeunes recrues Mash Kyrielight et Ritsuka Fujimaru se retrouvent à la tête de la mission de sauvetage: obtenir le Saint Graal face à face contre le destin lui-même…
