Résumé
L'histoire se déroule en 2020, trois ans seulement après les événements de .hack // GU. (L'histoire se déroulera non seulement dans la nouvelle version de «The World» connue sous le nom de «The World R: X», c'est un jeu populaire) mais aussi dans le monde réel. Le personnage principal est un élève du collège nommé Tokio Kuryuu. Il mène une vie normale en tant que joueur jusqu'à ce qu'une mystérieuse fille nommée Ayaka Amagi soit transférée à son école et l'emmène dans le monde du jeu.