En 2065, la Terre est au centre d'une guerre avec des extraterrestres de dimension supplémentaire appelés Nova. Les forces armées développent et forment des Pandoras, des filles qui peuvent utiliser un tissu génétique spécial appelé Stigmata (Seikon) pour montrer des systèmes et des compétences d'armes de combat surhumaines. Les Pandoras sont soutenus par des partenaires masculins appelés Limiters, qui utilisent des pouvoirs de «gel» particuliers pour restreindre la liberté de leurs concurrents.
L'un de ces limiteurs est Kazuya Aoi, dont la défunte sœur était une Pandore. Kazuya rencontre une forte Pandore, Satellizer el Bridget, surnommée la reine intouchable, sur son style calleux et son aphephobie extrême alors qu'elle fréquentait la West Genetics Academy au Japon. Malgré les avertissements de ses camarades de classe pour éviter Satellizer, elle se lie d'amitié avec Kazuya et demande à être son limiteur. Satellizer consent à s'associer avec lui, même si elle tombe bientôt sur une compétition amoureuse nommée Rana Linchen, qui croit que Kazuya est son âme sœur après l'avoir soutenue à travers plusieurs combats contre des adversaires du collège en changeant de position et de cours. Lorsque les Novas attaquent leur collège en utilisant des Pandoras sous leur contrôle pour accéder au laboratoire souterrain de l'institution, leur concurrence est écartée.
Satellizer et Kazuya rejoignent quelques élèves de West Genetics dans un laboratoire en Alaska, où ils peuvent être pour aider avec la tâche Evolution Pandora (E Pandora), permettant aux femmes normales d'obtenir des greffes de Stigmata pour devenir des Pandoras. Quand l'un des Pandoras E devient fou furieux, les autres se demandent si les médicaments de l'expérimentation ne sont pas dangereux, mais sont faits pour obéir aux souhaits de l'organisation commerciale ainsi que du directeur. En découvrant que tant qu'ils n'ont pas été consommables, ils doivent être utilisés, l'E-Pandora Amelia Evans dirige une révolte qui dégénère en une pleine sur Nova Clash.
Kazuya en apprend davantage sur les liens de sa famille avec le Nova ainsi qu'avec le Pandore. Le grand-père de Kazuya, Gengo Aoi, a trouvé le même travail, ce qui place Rana et Satellizer dans une équipe unique avec des femmes appelées Valkyries. Néanmoins, tout au long de l'activité de démonstration avec Nova conçue sur mesure qui est factice, les Pandoras expérimentent des délires, et le mannequin Novas devient une légion de centaines de Nova qui déciment la génétique. Gengo contre cela en libérant les Pandoras légendaires qui sont les tantes de Kazuya. L'effort du Chevalier pour assassiner Gengo employant plusieurs condamnés appelés les Busters, lorsque quelques-uns des Pandoras légendaires se transforment en Novas mortels, mais la mission s'effondre.
