Se déroulant sur le continent fictif d'Elibe et des stars Roy, le fils du protagoniste de Fire Emblem Eliwood. Roy dirige l'armée de la Ligue de Lycie contre les forces du pays militant de Berne peu après que son père soit tombé malade.
L'histoire commence lorsque le roi Zephiel, souverain du royaume de Berne, termine la brutale conquête d'Ilia et de Sacae et jette son dévolu sur Lycie. Avec l'arrivée de la guerre dans son propre pays, Roy est renvoyé chez lui pour diriger l'armée de Pherae pour s'opposer à Berne, mais peu de temps après, il rencontre Guenièvre, la princesse de Berne et la sœur cadette de Zephiel, qui s'est échappée de son pays natal pour chercher un moyen d'arrêter. la guerre imminente entre Berne et la Lycie.
À la mort du marquis Hector, Roy poursuit la Ligue lycienne et fait de nombreuses promesses: protéger la princesse Guenièvre et la fille bien-aimée d'Hector, la mage Lilina, et surtout, sauver tout le continent de la mystérieuse soif de domination mondiale de Zephiel.
Mais le héros de cette histoire est Al, fils d'un forgeron bernien. Après avoir eu 15 ans, il a quitté son domicile avec l'épée de son père pour partir à l'aventure dans ce continent à destination de la guerre.
Histoire parallèle de Fire Emblem ~ The Binding Blade (Gameboy Advance Videogame).
