Résumé
A lieu quelques années après le premier manga Ghost In The Shell. Le major a disparu depuis lors, et Ghost in the Shell 2 suit la mystérieuse Motoko Aramaki alors qu'elle mène une enquête sur un incident dans une usine d'orgue et ses conséquences. Elle est en fuite pour nettoyer les dégâts et se sauver dans le processus. Pendant ce temps, les anciens membres de la section 9 enquêtent sur Motoko pour découvrir qui elle est vraiment.