L'histoire se déroule dans un monde où les pouvoirs surnaturels existent à travers la science et la magie existe à travers la religion. Dans l'histoire, Touma Kamijou est un lycéen ordinaire avec des résultats scolaires terribles et un pouvoir appelé Imagine Breaker. Imagine Breaker peut vaincre n'importe quel autre pouvoir, mais cela mine également la bonne chance de Kamijou. L'immense force de son Imagine Breaker est littéralement incommensurable, si malheureux Kamijou est répertorié au niveau surnaturel de 0. Il arrive à rencontrer une fille en blanc accrochée à sa fenêtre de balcon. La jeune fille dit qu'elle est poursuivie par des sorciers et Kamijou apprend que la jeune fille est une religieuse de l'Église d'Angleterre dont les souvenirs ont été remplacés de force par Index-Librorum-Prohibitorum - les 103,000 textes interdits de l'Église.
