Marie se retrouve coincée dans une situation horrible. Elle est constamment tourmentée par ses camarades de classe et régulièrement agressée par son professeur. N'ayant nulle part où se tourner, elle se retrouve à demander une aide surnaturelle à l'un des sept démons des sept mystères de son école. Tout ce qu'elle désire, c'est la mort de ses cruels camarades de classe et de son professeur. Jusqu’où Marie sera-t-elle prête à aller pour commettre les meurtres qui la libéreraient de son enfer ?
Higanbana no Saku Yoru ni se déroule dans un cadre scolaire sans nom et est composé de nombreuses nouvelles autonomes, chacune racontée du point de vue d'un élève ou d'un membre du personnel de l'école. Ces histoires présentent l'intimidation comme thème sous-jacent majeur, car le protagoniste de chaque histoire est décrit comme étant soit une victime d'intimidation, soit un intimidateur lui-même. Higanbana tourne autour d'une série de légendes urbaines provoquées par des êtres surnaturels appelés yōkai, dont chacun revendique la propriété d'un « mystère » particulier et tue quiconque tente d'enquêter. Il y a un total de sept « mystères » au début de la série, avec de nombreux yōkai se battant dans une guerre de territoire en cours pour la propriété de ces mystères, qui est accordée aux sept yōkai qui sortent victorieux du conflit. . Les protagonistes des histoires interagissent avec au moins un des yōkai résidents de l'école, qui oblige les protagonistes à faire face aux conséquences de leurs actes en matière d'intimidation.
