Résumé
En 2032, la Terre subit une soudaine invasion de forces extraterrestres. Dix-neuf ans se sont écoulés après cet événement, et avec le chaos qui règne sur la planète, la seule façon de sauver le monde d'une destruction totale est de survivre et de lutter contre ceux qui forcent la Terre à l'anéantissement complet.
Black Rock Shooter (dans le jeu une « arme vivante » désignée par le nom BRS), se voit confier la responsabilité de protéger l'humanité, possédant la capacité de lutter contre les envahisseurs comme arme ultime. Elle émerge des ruines de San Francisco et est témoin d'un rassemblement de troupes survivantes qui deviennent son soutien tout au long de sa mission.